Obliczanie obliczeniowej mechaniki kwantowej: 4 kroki

2024 Autor: John Day | [email protected]. Ostatnio zmodyfikowany: 2024-01-30 11:29

Obliczenia obliczeniowe w chemii i fizyce mogą na niektórych próbkach ujawnić bardzo ciekawe właściwości (zwłaszcza jeśli są one modyfikowane w celu uzyskania lepszej wydajności danego związku wyjściowego). w procedurach, oprócz czynników momentu dipolowego, niestabilności, mapy potencjału elektrostatycznego, diagramu energetycznego i propabilistycznych obliczeń reaktywności, gdzie zastosowanie obliczeniowych obliczeń kwantowych skraca czas laboratorium, dając jasno do zrozumienia, czy synteza ewentualnego związku jest opłacalna. ekonomicznie i czasowo mówiąc.

Kieszonkowe dzieci

• Kwant
• Modelowanie cząsteczek.
• Orbitale molekularne Orca Avogadro

Krok 1: Obliczenia w mechanice kwantowej - Avogadro

W pierwszej kolejności pobierz Avogadro, który ma możliwość wprowadzania danych za pomocą oprogramowania Orca

W oprogramowaniu Avogadro masz gwarancję, że stworzysz swoje cząsteczki i zoptymalizujesz je o 99,9%; aby uniknąć konfliktów z poleceniem Ctrl + Alt + o, co z kolei nie gwarantuje właściwej kompresji molekularnej podczas korzystania z rozszerzeń wejściowych dla Orca.

Aby zoptymalizować cząsteczkę, najpierw utwórz interesującą Cię cząsteczkę (oczywiście), a następnie kliknij E (zauważ, że pod tym E znajduje się strzałka w dół), więc podobne obliczenia pojawią się w lewym górnym rogu ekranu zawierającego oprogramowanie.

Krok 2: Oprogramowanie Orca

Po prawidłowym wykonaniu tych danych kliknij kartę rozszerzeń, nadal odwołując się do oprogramowania Avogadro, i poszukaj opcji ORCA

Kliknij Zaawansowane, gdy otworzy się ekran tworzenia danych wejściowych, a w Dacie zaznacz opcję MO i drugą poniżej. - ZOSTAW DWA ZNAKI - aby uzyskać gęstość elektronową i aktywowane orbitale molekularne podczas obliczeń kwantowych, które wykona Orca - tylko procedury wejściowe;)

Po takiej procedurze w zakładce Podstawowe dokończ po poleceniu:! RHF SP def2-SVP

wprowadź kod poprawnie / ostrożnie…

! Normalnydruk

% wyjście

Drukuj [P_Basis] 2

Drukuj [P_MOs] 1

kończyć się

SZCZEGÓŁY, przed wykonaniem takiej operacji pobierz i zainstaluj Orkę na swoim komputerze!

Po wykonaniu powyższych poleceń kliknij Utwórz i zapisz taki plik. Wpisz w folderze, w którym jest zainstalowana Orca. (Przykład: zainstalowałem Orca na dysku C mojego komputera -> zapisz plik na dysku C swojego komputera w folderze Orca).

Krok 3: W programie Cmd Run…

Otwórz polecenie i wpisz:

cd C: / Orka; Oprogramowanie Orca jest zainstalowane na dysku C Twojego komputera …i naciśnij enter.

Otrzymasz ekran podobny do tego na obrazku tej części, po takiej procedurze zauważ czy komenda jest poprawna przy skrypcie C: / Orca>Jeżeli komenda jest poprawna wpisz przed znakiem plus (>) komendę:

orca.exe (nazwa cząsteczki, którą zapisałeś w folderze Orca).inp > (nazwa cząsteczki, którą zapisałeś w folderze Orca).out

SZCZEGÓŁ - W POLECENIU NIE MA KREWNYCH I TYLKO NAZWA TWOJEJ CZĄSTECZKI

Następnie naciśnij enter i poczekaj… W moim przypadku kilka razy przegapiłem polecenie, ponieważ krotność jest nieparzysta, a moja liczba elektronów jest również nieparzysta, jeśli tak się stanie, zmień wartość krotności na 2 w poprzednim kroku w Basicu (w oprogramowanie Avogadro).

Krok 4: Poczekaj chwilę…

Po wydaniu polecenia poszukaj podkreślenia w następnym wierszu polecenia cmd

jeśli tak, WONDER, kontynuuj… Poczekaj chwilę, aż pojawi się termin skryptu:

cd: / Orka_

Aby upewnić się, że plik.out został wygenerowany w folderze instalacyjnym Orca, w którym zapisano plik wejściowy utworzony w Avogadro.

Po wykonaniu obliczeń przez cmd w Orca, poszukaj pliku.out w folderze Orca. W tym momencie możesz zamknąć swoją cząsteczkę (Avogadro) i cmd, w końcu obliczenia kwantowe zostały już wykonane…

W następnym kroku ponownie otwórz Avogadro iw otwartej zakładce poszukaj wygenerowanego pliku.out i otwórz go; zobaczysz, że obok wartości HOMO i LUMO Orbital będzie twoja cząsteczka, przeciągnij trochę zakładkę w dół, a zobaczysz, że są obliczenia dla orbitali, które dadzą około 100% optymalizacji, jak widać na obrazku.

…i baw się dobrze…